從一把土裡面分離出單一菌種並不難，但是要知道裡面的部分菌種，也還不難，要知道全部的菌種，那可就是不可能的任務囉！先談談培養基：培養細菌需要給他適當的營養，還有適當的環境，所以要培養未知菌種，要先模擬原生長環境，一般就是給 C 源（如：糖）、N源（酵母抽出物）、與土壤抽出物（ 一公斤 土壤、 一公斤 水，煮一小時後過濾）及洋菜（使凝固）在培養皿中做成固體培養基（需滅菌）。實際操作方式：將土壤與無菌水混合均勻（可以是 1:1），取 0.5 cc 進行 10倍連續稀釋，
所以有 1; 0.1; 0.01; 0.001; 0.0001 不同濃度的土壤混合液，這些各自塗抹到不同的含培養基的培養皿上。經過幾天的培養之後，可以發現培養基上面長出菌落來，看起來是完整圓形的就是一個菌落，每個菌落就是一株純菌種。連續稀釋的作用是調到一個適當的濃度使菌落完全分離。
菌種鑑定：菌種鑑定需要多種程序來進行，目前多使用生化法以廠商生產的kit 來進行鑑定，傳統上則是利用染色、選擇性培養基、生化法（呼吸、蛋白質酵素、包外酵素），顯微鏡觀察，等方式來決定菌種。關於『全部』全部是很沈重的字眼，因為不可能完全模擬自然狀況，例如如果有厭氧菌，或者生長很慢的菌種，就可能沒有被培養出來。頂多只能說是知道『部分』菌種為何！以上僅僅是概述，詳細資料來需要看實驗需求來調整。
劃線法
(1) 用左手持細菌懸浮液的試管，右手持接種環在酒精燈上以火焰滅菌（接種環以火焰燒紅）。
(2) 接種環冷卻後，用右手小指及手掌心將培養試管蓋子打開（蓋子夾在小指及手掌中），以接種環輕觸菌液，使接種環上沾有細菌。
(3) 將試管口在酒精燈上過火滅菌，蓋上蓋子，放回試管架上。
(4) 取另一個新的無菌營養平板，將接種環上的細菌畫於此新的營養平板上。此為第一區菌區。
(5) 將接種環以火焰滅菌後，輕觸瓊脂無菌處冷卻。
(6) 將平板轉個角度，由第一區之邊緣，畫出第二區。
(7) 重複第5以及第6步驟，由第二區之邊緣畫出第三區。
98) 將平板轉個角度，接種環不需燒紅，直接由第三區將菌以鋸齒狀畫開，此為第四區。(畫第四區時應避免接觸到先前畫過線之區域。)
(9) 將接種環以火焰滅菌後冷卻並收好。
(10)將已畫好之平板上標示菌名、操作日期、操作者姓名，倒放置於培養箱中培養。
塗抹法
(1) 準備好稀釋至適當濃度的菌液(1; 0.1; 0.01; 0.001; 0.0001 )。
(2) 以接種環或玻璃吸管、微量吸管吸取稀釋菌液，，置於平板中央處。
(3) 將三角玻璃棒浸於95﹪酒精中，取出後於酒精燈火焰上燃燒。（需注意勿使燃燒中的酒精滴入酒精瓶中，引起燃燒。玻棒彎曲部分應朝下，避免酒精沿玻棒燒傷手部。）
(4) 待酒精燒盡，將略微冷卻的玻璃棒輕觸無菌瓊脂平板以冷卻。
(5) 將玻棒輕放於平板表面，以左手旋轉平板，右手將玻棒前後推動，使菌液均勻塗佈於平板表面。
(6) 將玻棒浸於酒精中，再以火焰燃燒滅菌。
(7) 將平板倒置於恆溫培養箱中。
倒皿法
(1) 同塗抹法將菌液稀釋。
(2) 由適當之稀釋菌液中以接種環、玻璃吸管或微量吸管取出菌液，置於無菌培養皿中央處。
(3) 將滅過菌，冷卻並保持在45℃ 左右的熔融培養基（含瓊脂），趁尚未凝固前倒入含菌液之培養皿中。
(4) 輕旋轉培養皿，使菌體分散均勻。
(5) 待培養基凝固，即可倒放入培養箱中培養。
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