大片段的DNA檢測或許是法醫學上的鐵證，但是越來越微量的DNA分析，卻在其作為證據的科學可信度方面引起許多爭議，也在不同國家的法庭上出現不同的判例。二〇〇六年十月十六日下午，有人發現霍（Peter Hoe）在英國北約克夏的家中被亂刀刺死。警方根據屍體附近塑膠碎片上採樣得到的DNA檢體，認為此案應與瑞德兩兄弟（Terence and David Reed）有關。兩人隔年就被定罪。但是二〇〇九年此案的被告提出上訴，讓人懷疑起「微量DNA分析法」的結果是否可以信賴。瑞德兄弟的辯護律師認為，英國伯明罕的鑑識科學中心分析員湯林森（Valerie Tomlinson）推理那些有DNA檢體的塑膠碎片是從凶器刀柄把手脫落，這種揣測太過牽強。去年十二月他們的上訴被駁回，不過問題還是存在：如此少量的DNA如何能指證出嫌疑犯？對於「微量DNA分析法」，科學界和執法界一直爭執不休，此一案件是最新的一個公開討論的案例。有人認為此種分析結果沒有再現性，樣品容易受到污染，沒有可靠的科學方法來決斷分析的準確度。何況分析的方法和過程都秘而不宣，難怪有些法醫學家要求，姑且不談分析的步驟，至少對於結果的認定方法有必要重新評估。DNA證據並不像大眾想的那樣萬無一失。——紐菲爾德只有英國和紐西蘭等少數幾個國家的法庭，接受「微量DNA分析法」做為證據，但是使用此法的案子卻很多。英國鑑識科學中心公佈，這個方法從九〇年代晚期發展以來，至少已經在超過兩萬一千件重大刑事案件上使用過。由這次法院駁回上訴的事件顯示，執法單位似乎越來越相信這種分析結果。紐約的「昭雪計畫」（Innocence Project）主張採用更多的DNA證據還冤獄者清白。但昭雪計畫辯護團隊的副主任紐菲爾德（Peter Neufeld）也說，DNA證據並不像大眾想的那樣萬無一失。英國遺傳學家傑佛瑞斯（Alec Jeffreys）在八〇年代左右發展出DNA檢測技術。檢測方法是比對基因中隨處散佈的「短片段重複序列」（short tandem repeats, STR）。由於這種序列的長度和排列方式在不同人身上有非常大的差異，只要比對例如十到十七段STR，法醫學家就能宣稱在犯罪現場留下的DNA屬於某個嫌疑犯的可能性有多高。科學家首先使用聚合酶鏈鎖反應（PCR）將STR序列增加到可以檢測的程度，然後再以電泳層析法分離不同大小的序列片段。STR依據大小不同會在電泳圖上留下特定的圖樣，可以和資料庫或嫌疑犯的圖樣相比。標準的DNA分析需要兩百皮克（1皮克是一兆分之一克）的DNA，大概是三十三個細胞或兩倍的單染色體精子細胞萃取出來的量。肉眼可見的血液或精液通常可以取得足夠的DNA量，但是在如果只有幾個細胞，科學家就要發展出敏感度更高的分析方式，像是進行更多次的PCR反應，複製出更多的DNA，或是將經過PCR反應的樣品純化，去除沒有用到的反應物。很多時候沒有人知道到底可以進行「微量DNA分析」的微量是多少。使用PCR反應的定量法，就算遇到完全沒有DNA的情況，技術員還是可以做出至少看起來有點像的電泳圖譜。這麼高的敏感度是很了不起，不過也有缺點。分析任何樣品都會有大小不一的隨機誤差，造成偏差的結果。原本樣本裡有的STR序列，可能因故沒有測出來，也可能會因為污染，導致電泳圖譜跑出原本不在樣本裡的STR序列。如果是標準的分析，由於有足夠數量DNA去多做幾次實驗，很容易就可以去除這些隨機的誤差。而且真正的STR序列訊號很強，可輕易和污染物的淡訊號區分。但是當分析敏感度提升到只要能產生一點點訊號就算數，那麼錯誤的訊號也會一起被放大，看起來就很像真的了。美國德州沃夫茲堡市北德州大學的法醫調查遺傳學家布垛勒（Bruce Budowle）以瑞德兄弟上訴一案，作為質疑微量DNA分析法的證據。布垛勒先前是聯邦調查局的科學家，他說分辨微量分析法真實訊號的方法，根本未經科學驗證。進行微量分析時，法醫學家通常會將極為少量的DNA再分成二到三份，取其中兩份分別檢測。有第三份的話則留作呈堂證供。這些分析結果並不是百分之百可以再現，來自相同樣品的分析圖譜常常有差異，科學家一般把兩次結果都出現的STR訊號當做真的訊號。布垛勒說這種作法不太保險。「這樣做聽起來蠻有邏輯的，可是可信度有多少，沒人評估過。」先天的偏見?俄亥俄萊特州立大學分子演化學家克阮（Dan Krane）說，就連一般的法醫程序都可能出錯。「法醫學家告訴過我，若是有參考圖譜的話，他們比較容易分出真實訊號和雜訊。」無論在微量分析或標準分析中，這份參考圖譜通常都是嫌疑犯的DNA圖譜，如此一來犯罪現場取得的樣本，即使只出現淡淡的訊號，擺在嫌疑犯DNA的強訊號旁邊，看起來也很像真的。克阮說美國只有幾個實驗室，其分析過程是不用參考圖譜的盲測法。「每間實驗室都不公開做法，他們說這是專業機密。」——-布垛勒這些憂心忡忡的人，遇上了實驗室都不肯透露他們分析結果的細節，也就更加的錯愕。布垛勒認為應該強制實驗室公佈細節。他說正因為這個技術有再現性的問題，分析的流程的穩當可信就更有其迫切性。可是「每間實驗室都不肯公開做法，他們說這是專業機密。」英國鑑識科學中心並未回應《自然》雜誌的採訪，但是英國格拉斯哥史崔克萊大學的法醫學家吉爾（Peter Gill）說，這個技術「毫無問題」。吉爾之前曾在鑑識科學中心發展微量DNA分析法。雖然敏感微量分析「無中生有」和「憑空消失」的誤差，比起標準分析要更加的明顯，但只要在乾淨控制環境下進行就沒有大問題。吉爾說，「無中生有」和「憑空消失」的誤差，也可以用統計方式去除，並減少人為判斷的比重。但是處理這些隨機誤差的機率理論，法醫學界還沒有開始使用。吉爾說，因為沒有資金來支持統計學家，將已有的理論應用在法醫學上。「這些有助於分析結果的工具，過去十年來沒有跟上法醫學的腳步，真是太可惜了。」以上種種缺陷使得許多國家採用微量DNA分析法時，都小心翼翼。美國聯邦調查局在二〇〇一年建議，只在某些情況使用此技術，比方說辨識骨頭殘骸是否屬於某位失蹤人口這種案例。這個技術在英國也有爭議。一九九八年霍伊（Sean Hoey）遭控於北愛爾蘭奧馬鎮中心設置炸彈爆炸造成二十九人死亡。控訴中對他最不利的證據，正是在炸彈殘骸上所得檢體的微量DNA分析。
二〇〇七年霍伊上訴成功獲釋。主審法官認為「目前的科學方法在認定上尚有疑慮」，英國法庭也暫停採用此種分析結果。但是二〇〇八年一篇英國評論文章認為，微量分析法「非常穩當，切合需要」，因此它又重上法庭。二〇〇九年三月，美國加州一位法官判定，由於微量分析法的實驗程序和判定結果的統計方法，在科學上無法讓人接受，不足採信。但是最近紐約最高法庭一位法官在審判一個謀殺案件時，卻沒有排除微量DNA分析結果，判定此證據可信。英國格拉斯哥的鑑識中心專門提供英國警方法醫科學服務。主任傑米森（Allan Jamieson）認為，法院不是討論微量分析法科學層面的合適場所。瑞德兄弟謀殺案和奧馬炸彈案兩案件的證據，都是傑米森提供的。他說要想讓科學家和法院都對分析結果有信心，法醫界自己必須證明分析步驟無誤，還得深入調查目前已知的問題。他說，「一般民眾不曉得，就算某個東西上頭有你的DNA，也不表示你一定碰過那個東西。」瑞德案中瑞德兄弟是否真的觸碰過凶器的塑膠把手，就是一個疑問，也有可能他們是透過別人，或是像打噴嚏才把自己的DNA留在那裡。
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